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Se sabe que más de 120 mamíferos habitan el parque, algunos de ellos actualmente muy raros en el Continente. Este es el caso del oso de antojeras o jucumarí, único oso sudamericano, que está poco menos que extinguido en su hábitat que originalmente se extendía desde Venezuela y Colombia hasta Argentina.

Otro ejemplo es la pacarana, roedor mediano semejante al conocido jochi pintado pero con cola. Se encuentran poblaciones saludables de monos, venados, chanchos de monte y tapires, así como listas de murciélagos y roedores.

Aunque los bordes del parque han sido impactados por las quemas del chaqueo, por la invasión del ganado y por la cacería, un área de aproximadamente 400 mil hectáreas aún permanece virtualinente intacta como hábitat para su rica fauna.

Los arroyos todavía corren claros e incontaminados; las especies más sensibles al impacto humano, como las pavas de monte y los grandes mamíferos, son aún abundantes; los bosques ofrecen grandes grupos de árboles de mara, pino sudamericano y otras especies que sólo gracias a lo inaccesible del terreno montañoso se han podido conservar; el cóndor, la arpía y el buitre rey son aún fáciles de observar.

Los vaqueros que pasan días cuidando el ganado que “ramonea” en las montañas de Amboró y sus alrededores se constituyen en los peores depredadores de la fauna mayor.

La urina (Mozama guazouvira) es muy apreciada por su tierna carne, pero también especie clave en la dispersión de semillas de muchas especies de árboles y plantas así como para la salud de los bosques.

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